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5-Fluorcytosin wird synonym mit Flucytosin oder mit 5-FC abgekürzt und ist unter dem Namen Ancotil® in Europa zugelassen zur Behandlung von Hefepilzinfektionen.

Verfügbar ist 5-Fluorcytosin als fertige Infusionslösung sowie in Tablettenform zur oralen Applikation (Hersteller Fa. ICN, ehemals entwickelt und vertrieben durch Fa. Hoffman La Roche).

In Deutschland ist 5-Fluorcytosin zur Behandlung der generalisierten Candidose, Chromoblastomykose, Kryptokokkose zugelassen. Klinisch ist wegen der Resistenzentwicklung nur eine Kombinationstherapie von 5-Fluorcytosin mit Amphotericin B oder einem Azol-Derivat sinnvoll und sollte nur so durchgeführt werden. Die Kombinationstherapie mit Amphotericin B + 5-Fluorcytosin wird auch zur Therapie der invasiven Aspergillose eingesetzt, wobei die Grundlage hierzu spärlich ist und auf tierexperimentellen Daten und einzelnen Kasuistiken beruht. Belegt ist nur die klinisch synergistische Wirkung von Amphotericin B + 5-Fluorcytosin bei der ZNS-Kryptokokkose. Der genaue klinische Stellenwert von 5-FC wurde bisher außer für die ZNS-Kryptokokkose nicht systematisch in randomisierten Studien ermittelt und bleibt vorerst unklar.